الفترة من القرن الثاني عشر وحتى بدايات القرن الرابع عشر
تشكلت سويسرا من مجموعة من الأقاليم المستقلة المعروفة بالكانتونات (Cantons)، حيث امتلك كل إقليم علمه الخاص وشعار يظهر على دروع فرسانه. وقد كانت هذه الأقاليم جزءًا من الإمبراطورية الرومانية، مما منحها الحق في استخدام الرموز الخاصة بالإمبراطورية أثناء الحروب، مثل الصليب الأبيض الذي اعتمده إقليم شويز/سكويز (Schwyz) مع الراية الحمراء الرومانية. ومن هنا، بدأت تتشكل ملامح العلم السويسري الحالي. تأسست الدولة الاتحادية السويسرية في عام 1291م، وشملت في البداية أقاليم شويز ويوري ونيدوالدن، التي احتفظت كل منها بعلم مميز، تبعها انضمام أقاليم أخرى لاحقًا، ليبلغ عدد الأقاليم في الدولة الاتحادية السويسرية 26 إقليماً حتى الآن.
معركة لوبين (The Battle of Laupen)
تُعتبر معركة لوبين واحدة من الأحداث التي ساهمت في توحيد الدولة الاتحادية السويسرية القديمة تحت شعار مشترك رغم التنوع في أعلامها. في عام 1339م، قاتلت الأقاليم الاتحادية جنبًا إلى جنب مع إقليم بيرن (Bern) ضد عائلة هابسبورغ الألمانية. واجه الجنود تحدياً في التفريق بين الأعداء والأصدقاء بسبب تفاوت الأعلام، لذا اتخذوا قرارًا بتخييط الصليب الأبيض على زيهم لتحديد جبهتهم عن جبهة خصومهم.
فترة الدولة الهيلفيتية
في عام 1798م، غزت فرنسا بقيادة نابليون اتحاد الأقاليم السويسرية، مما أدى إلى إلغاء أعلامها وشعاراتها الرسمية. قام نابليون بتوحيد الأعلام، معتمدًا على علم يحتوي على ثلاثة ألوان: الأخضر في الأعلى ليمثل الطبيعة والحرية، والأحمر في المنتصف ليعكس شعار الأقاليم السويسرية، والأصفر في الأسفل.
القرن التاسع عشر
استعادت سويسرا استقلالها من فرنسا في عام 1815م، وعادت لتبني العلم القديم الذي يحتوي على صليب أبيض على خلفية حمراء، لكن الأعلام المختلفة للأقاليم والكتائب العسكرية استمرت في الاستخدام. بدأت النقاشات حول توحيد العلم في ثلاثينيات وأربعينيات القرن التاسع عشر، وأخيرًا تم الاعتماد على علم وطني موحد لسويسرا بأكملها في عام 1848م. يظهر هذا العلم بشكل مربع، ويتميز بخلفية حمراء تكون بمثابة تمثيلٍ لعلم إقليم بيرن القديم أو بدلالات دينية تعكس دم المسيح، بينما يحمل في وسطه صليبًا أبيضًا متساوي الأطراف، مع زيادة عرض أحد الأذرع عن الأخرى بمقدار سدس الطول.
رمز السلام
وضعت سويسرا منذ عام 1815م سياسة الحياد في أي من الحروب، واستمرت على هذا المنوال حتى خلال الحروب العالمية في القرن التاسع عشر. وقد اعترفت عصبة الأمم بموقف سويسرا الحيادي في عام 1920م، ليصبح علمها رمزًا للسلام العالمي.
العصر الحديث
يتميز العلم السويسري بأنه واحد من اثنين فقط في العالم الذي يأتي على شكل مربع وليس مستطيل. لذلك، قامت الأمم المتحدة بتغيير قوانين الأعلام التي ترفع أمام مقرها بعد الطلب الذي قدمته سويسرا للانضمام إليها في عام 2002م، إذ تم السماح بأعلام غير مستطيلة الشكل. يُستخدم العلم السويسري في المناسبات الدولية مثل الألعاب الأولمبية في شكل مستطيل ليتماشى مع أعلام الدول الأخرى.